Poriin syyskokoukseensa kokoontunut Suomen Ekumeeninen Neuvosto (SEN) valitsi 26.10.2015 yksimielisesti puheenjohtajakseen Suomen ev.-lut. kirkon arkkipiispan Kari Mäkisen. Puheenjohtajan toimikausi on kolme vuotta ja se alkaa vuoden 2016 alusta. Nykyinen puheenjohtaja, katolisen kirkon piispa Teemu Sippo SCJ ei halunnut enää asettua ehdolle.
SEN:lla on sääntöjensä mukaan kolme varapuheenjohtajaa, joiksi valittiin ev.-lut. kirkon edustaja, piispa Matti Repo (varajäsen: TL Veijo Koivula, ev.-lut.), ortodoksisen kirkon edustaja, piispa Arseni (varajäsen: ylidiakoni Juha Lampinen, ort.), Metodistikirkon edustaja, pastori Soile Salorinne, varajäsen: kirkkokunnanjohtaja Hannu Vuorinen, Suomen vapaakirkko.
Hallituksen muiksi jäseniksi valittiin seuraavat (varajäsenet suluissa):
Yleisvikaari, TT Raimo Goyarrola (veli Gabriel Salmela), Katolinen kirkko Suomessa
TT Minna Hietamäki (Lehtori Eija Peura), Suomen evankelis-luterilainen kirkko
Dosentti, TT Tomi Karttunen (pastori Päivi Aikasalo), Suomen evankelis-luterilainen kirkko
TM Jooa Sotejeff-Wilson (YTT Minna Rasku), Suomen ortodoksinen kirkko
Pastor Jan Edström, Finlands svenska baptistsamafund (pastor Mayvor-Wärn-Rancken, Finlands svenska metodistkyrka)
Puheenjohatajan henkilökohtaiseksi varajäseneksi valittiin tuomiorovasti Matti Poutiainen.
SEN:n nykyinen puheenjohtaja (kuluvan vuoden loppuun) piispa Teemu Sippo SCJ on toiminut puheenjohtajana vuodesta 2009 alkaen. Häntä ennen tässä tehtävässä toimi arkkipiispa Jukka Paarma ja ennen Paarmaa ortodoksisen kirkon arkkipiispa Johannes ja tätä ennen Suomen ev.-lut. kirkon arkkipiispa John Vikström. Puheenjohtajina on ollut arkkipiispoja, piispoja ja muita kirkollisia vaikuttajia jo melkein sadan vuoden ajan. Suomen Ekumeeninen Neuvosto on perustettu vuonna 1917.