Piispa Teemu Sippo SCJ edustaa katolista kirkkoa SEN:n yleiskokouksessa ja on ollut tässä tehtävässä tämän vuosikymmenen alkupuolelta alkaen. Hän on ollut myös SEN:n Paikallisen ekumenian jaoston jäsen kolmekymmentä vuotta. Jaostoedustuksen hän siirsi toiselle henkilölle tultuaan valituksi piispaksi.
SEN:lla on sääntöjensä mukaan kolme varapuheenjohtajaa, joiksi valittiin ev.-lut. kirkon edustaja piispa Matti Repo (varaedustaja: pastori Antti Kruus, ev.-lut.), ortodoksisen kirkon edustaja TM Outi Vasko (varaedustaja: ylidiakoni Juha Lampinen, ort.), Missionskyrkan i Finlandin edustaja VTT Markus Österlund (varaedustaja: pastori Mayvor Wärn-Rancken, Metodistkyrkan i Finland).
Hallituksen muiksi jäseniksi valittiin seuraavat (varaedustajat suluissa):
TT Päivi Jussila (Rekisterinjohtaja Veijo Koivula), Suomen evankelis-luterilainen kirkko
TT Tomi Karttunen (TT Minna Hietamäki), Suomen evankelis-luterilainen kirkko
Piispa Simo Peura (Tuomiorovasti Matti Poutiainen), Suomen evankelis-luterilainen kirkko
Kirkkokunnanjohtaja Hannu Vuorinen, Suomen Vapaakirkko (pastori Soile Salorinne, Suomen Metodistikirkko).
Puheenjohtajan henkilökohtaiseksi varajäseneksi valittiin yleisvikaari Wieslaw Swiech SCJ.
SEN:n nykyinen puheenjohtaja (kuluvan vuoden loppuun) on arkkipiispa Jukka Paarma, hän on toiminut puheenjohtajana vuodesta 1999 alkaen. Häntä ennen tässä tehtävässä toimi ortodoksisen kirkon arkkipiispa Johannes ja tätä ennen Suomen ev.-lut. kirkon arkkipiispa John Vikström. Suomen Ekumeeninen Neuvosto on perustettu vuonna 1917.